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Debido sobre todo a su localización geográfica en el Atlántico, teóricamente a medio camino entre Europa y América, las Azores son lugar de paso obligatorio para muchas aves migratorias que en sus largas travesías trasatlánticas aprovechan para descansar, no sólo en las lagunas y costas de las islas azorianas, sino también en la mayoría de los islotes que las rodean, nidificando asimismo algunas de ellas en esos lugares.

Aunque las Azores no poseen una fauna endémica en el verdadero sentido de la palabra, hay especies que, por el aislamiento geográfico de las islas, se han adaptado y por eso presentan características propias, principalmente en coloración, tamaño y formas, que las distinguen, constituyendo algunas de ellas subespecies de la Región. El célebre Perro de Fila de San Miguel es un consumado conductor de rebaños y su presencia en el paisaje micaelense se hace familiar.

 

 

Caracterizada por la predominancia de especies de avifauna, en la clase de las Aves, cabe destacar la existencia del Priôlo (Pyrrhula pyrrhula murina), especie endémica de las Azores que en tiempos se consideró extinguida, cuyo único hábitat actualmente conocido se centra en la Sierra de la Tronqueira, en el área del Pico da Vara, isla de San Miguel.

 

Además de ésta, especies como el Milano, el Ratonero común o Águila de ala redonda (Buteo buteo), la Pardela cenicienta (Calonectris diomedea), el Canario (Serinus canarius), el Mirlo (Turdus merula), la Paloma bravía y la Paloma torcaz (Columba livia y C. palumbus), la Andoriña común y la Andoriña rosada (Sterna hirundo e S. dougallii) y la Gaviota  (Larus argentatus), son, entre otras, algunas de las aves que se pueden observar.

 

En la clase de los Mamíferos se puede mencionar la existencia de la Comadreja (Mustela nivalis), del Erizo Europeo (Erinaceus europaeus) y del Conejo Salvaje (Orcytolagus cuniculus), que es sin duda la especie mas abundante de la Clase y la especie cinegética más importante de la Región.

 

En el campo de la fauna piscícola que albergan las aguas interiores de las islas, cabe hacer mención que sólo en algunas de las lagunas y riachuelos de las islas de San Miguel y de Flores existen especies piscícolas con interés para la pesca deportiva, concretamente las Truchas, común y arco-iris (Salmo truta e Oncorhynchus mykiss), el Lucio (Esox lucius), la Carpa (Cyprinus carpio), la Perca (Perca fluviatilis), el Lucioperca (Stizostedion lucioperca) y el Rutilo (Rutilus rutilus).