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Situadas na Região da Macaronésia, que se estende pelos Arquipélagos dos Açores, Madeira e Canárias, estas ilhas apresentam três características em comum: são ilhas oceânicas que nunca estiveram unidas ao continente; estão sob influência dos ventos alísios do NE que se dirigem para o Equador; e partilham os restos da flora subtropical que habitava o sul da Europa durante o Terciário, a Laurissilva.

O solo, ocupado antes do povoamento por uma floresta de tipo atlântico, que ainda pode reconhecer-se por algumas manchas existentes em várias ilhas, ora é fértil, ora é recoberto por um manto de lava arrefecida, só aproveitável para vinhedos ou matas.

Das várias espécies que povoam o arquipélago, resultado das condições morfológicas e climatéricas, 56 são endémicas, sendo que, deste total, 46 espécies vasculares endémicas encontram-se na Ilha do Pico. É também nesta ilha que surge, com maior incidência, a Laurissilva, uma vegetação onde predominam as árvores com folhas de tipo loureiro, constituída por uma grande diversidade de espécies: Laurus azorica, Persea indica, Ocotea foetens, Apollonias barbujana.

As cavernas, furnas ou blocos de rochas, apresentam diversas condições ecológicas, tornando assim a flora muito variada, destacando-se a Myrica faia, Dracaena draco e a Erica azorica.

Relativamente à fauna, estas ilhas são local de nidificação de diversas aves marinhas. De entre as espécies referidas no Anexo I da Directiva Aves, nidificam nos Açores as seguintes espécies: Bulweria bulweria, Calonectris diomedea, Puffinus assimilis, Oceanodroma castro, Sterna hirundo, Pyrrhula murina, Columba palumbus azorica, com destaque para o Sterna dougalli, incluída entre as 29 aves mais raras da Europa.

O território abrange Espaços Protegidos que se distinguem pela sua relevância ambiental e beleza natural, apresentando 54 Zonas Classificadas de diferentes tipologias: Área Ecológica Especial (1), Zona de Protecção Especial para a Avifauna (13), Paisagem Protegida de Interesse Regional (2), Reserva Florestal Natural Parcial (13), Reserva Florestal de Recreio (8), Reserva Natural (2), Património Mundial da UNESCO (1) e Sítios de Interesse Comunitário (14).

A Paisagem Protegida de Interesse Regional da Cultura da Vinha da Ilha do Pico, classificada como Património da Humanidade pela UNESCO, em 2004, ocupa uma área total de 154,4 ha, distribuída pelos núcleos do lajido da Criação Velha (Concelho da Madalena) e lajido de Santa Luzia (Concelho de São Roque), envolvida por uma zona tampão de 2445,3 ha.

Estes núcleos foram seleccionados por constituírem admiráveis representações da arquitectura tradicional, do traçado da paisagem e dos elementos naturais, que caracterizam os lajidos, em cujas fendas se plantam, desde há séculos, as vinhas que produzem o famoso vinho do Pico.

O ordenamento do território obedeceu às exigências da cultura, resultando na edificação, com pedra solta, de pequenos muros – currais ou curraletas – apresentando-se como uma malha reticulada. Este modelo arquitectural não foi obra do acaso, mas antes, resultado da sabedoria popular face à preocupação de proteger as videiras do vento, bem como de dar destino às pedras dispersas (muros e maroiços).

Considerada Área Ecológica Especial, a Fajã da Caldeira de Santo Cristo, na Ilha de São Jorge, é constituída por uma gruta submarina e uma lagoa, onde existe a única população explorável de amêijoas do arquipélago.

A origem vulcânica das ilhas é responsável por uma assinalável actividade sismo-vulcânica, sendo a sua mais recente e marcante manifestação, a erupção do Vulcão dos Capelinhos (Reserva Florestal Parcial), na Ilha do Faial, que veio a formar uma pequena ilha que, mais tarde, se uniu através de um istmo ao Faial, apresentando uma paisagem de aspecto lunar.

Integrados na Rede Natura 2000, a preservação destes espaços tem como finalidade garantir a biodiversidade na União Europeia, mediante a conservação dos habitats naturais e da fauna e flora.

Um interesse crescente, tem sido conferido a estudos sobre as fontes hidrotermais na ZEE da Zona de Intervenção, nomeadamente a “Lucky Strike” e “Menez Gwen”. Tratam-se de autênticos laboratórios naturais de poluição, chaminés subaquáticas, que estão precisamente situadas na zona de separação de placas tectónicas, onde circula a água. Esta, no sentido descendente, aproxima-se do magma, atingindo os cerca de 350ºC, voltando à superfície da crosta, rica em compostos tóxicos (metano, enxofre, dióxido de carbono e ferro). Os vapores visíveis são originados pela oxidação do enxofre em contacto com a água. Em torno das fontes hidrotermais sobrevivem espécies, em ambiente altamente tóxico (p.e. mexilhões e camarões gigantes).