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Situadas na Região da Macaronésia, que se estende pelos Arquipélagos dos Açores, Madeira e Canárias, estas ilhas apresentam três características em comum: são ilhas oceânicas que nunca estiveram unidas ao continente; estão sob influência dos ventos alísios do NE que se dirigem para o Equador; e partilham os restos da flora subtropical que habitava o sul da Europa durante o Terciário, a Laurissilva.

O solo, ocupado antes do povoamento por uma floresta de tipo atlântico, que ainda pode reconhecer-se por algumas manchas existentes em várias ilhas, ora é fértil, ora é recoberto por um manto de lava arrefecida, só aproveitável para vinhedos ou matas.

Relativamente à fauna, estas ilhas são local de nidificação de diversas aves marinhas. De entre as espécies referidas no Anexo I da Directiva Aves, nidificam nos Açores as seguintes espécies: Bulweria bulweria, Calonectris diomedea, Puffinus assimilis, Oceanodroma castro, Sterna hirundo, Pyrrhula murina, Columba palumbus azorica, com destaque para o Sterna dougalli, incluída entre as 29 aves mais raras da Europa.

O território abrange Espaços Protegidos que se distinguem pela sua relevância ambiental e beleza natural, apresentando 54 Zonas Classificadas de diferentes tipologias: Área Ecológica Especial (1), Zona de Protecção Especial para a Avifauna (13), Paisagem Protegida de Interesse Regional (2), Reserva Florestal Natural Parcial (13), Reserva Florestal de Recreio (8), Reserva Natural (2), Património Mundial da UNESCO (1) e Sítios de Interesse Comunitário (14).

Considerada Área Ecológica Especial, a Fajã da Caldeira de Santo Cristo, na Ilha de São Jorge, é constituída por uma gruta submarina e uma lagoa, onde existe a única população explorável de amêijoas do arquipélago.

Integrados na Rede Natura 2000, a preservação destes espaços tem como finalidade garantir a biodiversidade na União Europeia, mediante a conservação dos habitats naturais e da fauna e flora.

Um interesse crescente, tem sido conferido a estudos sobre as fontes hidrotermais na ZEE da Zona de Intervenção, nomeadamente a “Lucky Strike” e “Menez Gwen”. Tratam-se de autênticos laboratórios naturais de poluição, chaminés subaquáticas, que estão precisamente situadas na zona de separação de placas tectónicas, onde circula a água. Esta, no sentido descendente, aproxima-se do magma, atingindo os cerca de 350ºC, voltando à superfície da crosta, rica em compostos tóxicos (metano, enxofre, dióxido de carbono e ferro). Os vapores visíveis são originados pela oxidação do enxofre em contacto com a água. Em torno das fontes hidrotermais sobrevivem espécies, em ambiente altamente tóxico (p.e. mexilhões e camarões gigantes).